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1963. 11. 3 연구소 창립 서울 종로구 수표동에서 임창순 소장이 설립. 일반 수강생을 대상으로 한문강좌를 개설함.
1974. 10 지곡정사 신축 경기도 남양주시 수동면 지둔리
1976. 9 한문연수원 선발 한국고등교육재단의 지원을 받아 5년 정규과정의 한문연수원 제1기생을 선발하고 장학금을 지급함.
1979. 11

지곡서당 신축



 연구소를 서울에서 경기도 남양주시 수동면 지둔리 지곡서당으로 옮기고 일반인을 대상으로 하던 한문강좌는 폐지함.
(창립 이래로 약 5000명 수강)
1981. 12

연수년한 개정


 제4기 한문연수원을 선발, 제4기부터는 연수년한을 3년으로 하고, 기숙사 체제로 하여 연구소에 상주하면서 연구소 교과과정에만 전념토록 하고 대학원을 포함한 외부활동을 할 수 없게 함.
1981. 9. 한국고등교육재단의
지원 중단

이때부터 임창순 소장이 단독으로 운영함.
1985. 8. 4 한림대학교 부설 연구소 한림대학교에서 연구소를 인수함에 따라 한림대학교 부설 태동고전연구소로 발족함.
1988. 5 현대식 기숙사 신축 현 연구소 건물인 기숙사를 신축, 연수원생에게 1인 1연구실을 제공함.
1999. 4. 12 청명 임창순 초대 소장 별세
1999. 5. 1 이광호 소장 취임
2001. 2. 26 이광호 소장 퇴임
2002. 5. 1 김만일 소장 직무대리 임명
2003. 3. 1 이동준 소장 취임
2007. 8. 31 이동준 소장 퇴임
2008. 2. 1 김만일 소장 직무대리 임명
2009. 2. 1 김만일 소장 취임
2010. 5. 1 한국고전번역원 권역별거점연구소 협동번역사업 선정
2011. 12. 1 한국학분야 토대기초연구 지원사업 선정[성호질서 정본화사업]
2015. 2. 28 김만일 소장 퇴임
교육사업(한문연수원 선발) 중단
2015. 3. 1 엄연석 소장 취임
2015. 9 한국연구재단 남양주인문도시 사업 선정
2017. 9 한국연구재단 대학중점연구소 지원사업 선정[조선시대 경학사상에 대한 문화다원론적 비판 연구]
2017. 12 경기도교육청과 협약으로 경기꿈의대학 참여